Ubicada en la Bahía de Chincui, en el sector de Chinquihue de la comuna de Puerto Montt, Fundación Chinquihue fue creada mediante escritura pública del 09 de enero del año 1989 y obtuvo su Personalidad Jurídica el 01 de marzo del mismo año, mediante el Decreto Supremo N°277.
El Gobierno de Chile determinó que la administración del Complejo Pesquero, construido y entregado en donación por el Gobierno de Japón, sea realizado por una Fundación, cuyo Directorio estuviera compuesto por personeros del ámbito público y privado de la Región de Los Lagos, además de tres dirigentes de las organizaciones de segundo grado de la pesca artesanal regional.
A partir de 1991 se establece que la forma más apropiada y pertinente de provocar el desarrollo en el subsector pesquero artesanal, es a través de la acuicultura de recursos bentónicos de pequeña y mediana escala. Así es como inician una serie de estudios orientados a caracterizar la situación de la acuicultura de pequeña y mediana escala en la Región, de manera de proponer programas y proyectos que permitieran el desarrollo de la actividad.
Para el año 2001 y considerando que las Áreas de Manejo y Explotación de Recursos Bentónicos (AMERBs) se traducen en una alternativa atractiva y concreta para el desarrollo de los pescadores artesanales, Fundación Chinquihue decide sumar esta línea de trabajo a su accionar. Así se posibilita un nuevo escenario para las organizaciones de pescadores artesanales, igualmente ligada a la acuicultura.
En el año 2007 se incorpora la línea estratégica de apoyo a la gestión en la administración de centros de desembarques de productos pesqueros artesanales. Durante el mismo año Fundación Chinquihue se vincula también con estrategias de ordenamiento pesquero a través de pescas de investigación. Esto permitió la operación pesquera de flotas artesanales que por diferentes motivos carecían de autorizaciones sectoriales.